28 декабря 1991 г. — дата основания музея. Первым директором стал к.и.н. Андрей Юрьевич Огурцов. Сотрудников разместили в полуразрушенном здании на ул. Народная, 7.

1992 г. — сотрудники музея начали комплексное исследование Кузнецкой крепости (археологические и архивные изыскания) для подготовки её реставрации. Организованы первые археологические, этнографические и историко-бытовые экспедиции музея для комплектования фондов.

весна 1993 г. — музей переехал в двухэтажный дом по ул. Водопадной, 19, известный как «Дом купца Фонарева». До 1998 г. это здание оставалось единственным помещением музея.

1993 г. — музей стал организатором выпуска периодического историко-краеведческого сборника «Кузнецкая старина».

июнь 1994 г. — в музее организована научная библиотека, основу которой составили книги из собрания прокопьевского археолога Михаила Георгиевича Елькина.

ноябрь 1994 г. — музеем подготовлена и открыта первая выставка — «Принципы сибирского искусства».

1995 г. – 1999 гг. — директор музея — Альбина Степановна Шадрина.

1996 г. — в Доме купца Фонарева создана экспозиция по истории г. Кузнецка с реконструкциями элементов бытового интерьера конца XIX — нач. XX вв.

октябрь 1996 г. — начало формирования архива музея.

апрель–июль 1998 г. — на Кузнецкой крепости проведены крупномасштабные работы по компенсационному строительству. Реконструированы Барнаульские ворота с двумя каменными полубастионами, а также построено новое здание солдатской казармы.

июль 1998 г. — на территории Кузнецкой крепости проведено торжественное открытие памятника архитектуры и празднование «Дня города».

июнь 1999 г. — литейный цех ЗСМК изготовил 12 точных копий чугунных 12-фунтовых крепостных орудий на лафетах и 2 бронзовые 3-фунтовые драгунские мортиры. Они стали первыми на территории Кузнецкой крепости. С 2001 по 2003 гг. сотрудники ЗСМК изготовили ещё 6 артиллерийских орудий.

июль 1999 г. — открыта первая экспозиция в здании Солдатской казармы на Кузнецкой крепости. В ней выделены 2 раздела: «Военная история региона» и «Кузнецкий тюремный замок».

сентябрь 1999 г. – июнь 2008 г. — директор музея — Раиса Степановна Ястребова.

июнь 2002 г. — на стене Солдатской казармы установлены 2 мемориальные плиты с именами жителей Кузнецка — Георгиевских кавалеров. Плиты отлил литейный цех ЗСМК.

июнь 2003 г. — на территории Кузнецкой крепости установлен бюст генерал-лейтенанта П.Н. Путилова. Материал — гипс. В июне 2004 г. гипсовый бюст заменён на чугунный. Скульптор Е.Е. Потехин. Чугунный бюст отлил литейный цех ЗСМК.

декабрь 2005 г. — в Доме купца Фонарева открыт новый раздел постоянной экспозиции — «Кузнецк в XVII–XVIII вв.», где представлены уникальные материалы раскопок Кузнецкого острога.

июнь 2006 г. — на стене Солдатской казармы установлена чугунная мемориальная плита с портретным барельефом Н.Н. Гриценко (1856–1900 гг.) — знаменитого земляка, художника морского министерства. Скульптор Н.А. Улеско. Плиту отлил литейный цех ЗСМК.

март 2007 г. — в основном фонде выделен фонд «Археология». Его хранителем назначен к.и.н. Ю.В. Ширин.

июнь 2007 г. — в Солдатской казарме обновлена экспозиция по военной истории региона. Открыт раздел «Кузнецкая линия».

февраль–июль 2008 г. — на Кузнецкой крепости проведён второй этап крупномасштабных работ по компенсационному строительству. Реконструированы две каменные сортии (северная и южная), а также построено новое здание Обер-офицерского дома. Заложен фундамент деревянной часовни. В Обер-офицерский дом перенесена основная экспозиция по истории Кузнецкого острога, Кузнецкой линии и Кузнецкой крепости.

июнь 2009 г. — в Солдатской казарме построена новая экспозиция — «Древняя история региона». Показаны материалы из раскопок археологических памятников в хронологическом интервале от верхнего палеолита (20–10 тыс. л. до н. э.) до XVII в. н.э. В экспозицию включено несколько занимательных исторических реконструкций, в том числе показан облик древних обитателей края, восстановленный по черепам.

ноябрь 2009 г. – май 2023 г. — директор музея — Юлия Владимировна Костюченко (Фомина).

апрель 2012 г. — состоялась I городская волонтёрская акция «Памятнику быть!», приуроченная к Международному дню охраны памятников и исторических мест. С тех пор акция, направленная на сохранение памятников исторического и культурного наследия, относящихся к музею-заповеднику «Кузнецкая крепость», проводится ежегодно.

2 июля 2017 г. — на территории музея-заповедника «Кузнецкая крепость» был впервые проведён военно-исторический фестиваль «Кузнецкий фронтир». В период с 2018 по 2025 гг. состоялось ещё 3 фестиваля.

6 июля 2019 г. — на территории музея состоялся первый международный фестиваль «КуZня джаzZ». В период с 2019 по 2026 гг. проведено ещё 6 фестивалей.

июнь 2023 г. – июнь 2025 г. — директор музея — Антон Николаевич Анищенко.

август 2025 г. — директором музея назначена Юлия Владимировна Гарварт.